Одним из важных направлений работы ФГБУ «Красноярский референтный центр Россельхознадзора» является участие в профессиональной подготовке кадров агропромышленного комплекса.

В рамках Соглашения о взаимодействии с ФГБОУ ВО «Красноярский государственный аграрный университет», ФГБУ «Красноярский референтный центр Россельхознадзора» проводятся совместные практические проекты, экскурсии по испытательной лаборатории для студентов направлений «агрономия», «почвоведение», «ветеринария», «зоотехния». Обучающихся знакомят с работой аккредитованной испытательной лаборатории, правилами приёма проб, проведением исследований и работой оборудования.

Специалистами ФГБУ «Красноярский референтный центр Россельхознадзора» организованы обучающие занятия для студентов, в целях ознакомления со структурой Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору и подведомственных учреждений, с основными направлениями деятельности, нормативными требованиями, работой в электронных системах и правилами заполнения рабочих документов.

Также специалисты ФГБУ «Красноярский референтный центр Россельхознадзора» включены в государственные экзаменационные комиссии при итоговых аттестациях студентов и аспирантов университета по направлениям «агрономия», «почвоведение», «ветеринария», «зоотехния».